あれこれ試してみましたが、「Aperture のライブラリから iPhone にコピーできないファイルがある」で書いた現象についてようやく解決に至りました。「Aperture 3：基本的なトラブルシューティング」にある「ユーザ環境設定を削除する」を実行することですべての写真が iPhone に同期されるようになりました。
具体的には ~/Library/Preferences/com.apple.Aperture.plist を削除 することで解決できました。
解決編なのでこれまでに試してみたこと（うまくいかなかったこと）をメモしておきます。
- Aperture ライブラリ First Aid ツールを使って「アクセス権を修復」
- Aperture ライブラリ First Aid ツールを使って「データベースを修復」
- Aperture ライブラリ First Aid ツールを使って「データベースを再構築」
- 全写真のスタックを解除、全画像のプレビューを削除して再作成
- iPod Photo Caches フォルダを削除
さらに今回参考にさせていただいたサイトをメモしておきます。どうもありがとうございます。
- Aperture 3 の写真が一部しか iPhone, iPad と同期されない場合の対処: とろつれづれ
- 黒いデジタル: iLifeおよびiWorkでApertureの写真を共有するためのヒント
- おかゆ MacBook Aperture 3で写真をiPhone/iPadに同期できない問題→解決
最後に関連しそうな Apple の公式サポートドキュメントもまとめておきます。
- Aperture 3：基本的なトラブルシューティング
- iLife および iWork で Aperture の写真を共有するためのヒント
- iPhone, iPad and iPod touch：iTunes から写真を同期する方法
- iTunes：「iPod Photo Cache」フォルダについて
ようやくこれで安心して Aperture を使い始めることができるなぁ。
はじめまして。
グーグルの検索から来ました。
この問題を解決出来ずにおりましたところ、semicolon様の記事に至りました。
今晩（自宅のMacBook Proで）試してみます。
ありがとうございます。
御礼まで。
タツミヤさま
iPhoto から移行してみたものの Aperture はちょっぴり複雑ですね。今回いろいろと調べて勉強になりました。
タツミヤさまのお役にたてたらうれしいです。
私もiPhotoからの移行で難儀致しました。結局MacBook Pro（Apeture3プリインストモデル）を購入時にone to oneも購入していましたので、心斎橋Appleに何度か通い、Apeture3の作業ルーティーンをレクチャーしてもらいました。その甲斐あって写真編集でPhotoshopは使わなくて済んでます。慣れると使いやすいアプリですね。クセは有りますが。（笑）
では。
タツミヤさま
編集までできるようになると本領発揮なんでしょうね。私はいまのところ写真の読み込みから Flickr へのアップロードぐらいしかできてません…。編集やら RAW 現像やらできるようになりたいものです。
icludを入れてから、同様の現象が出て悩んでいました、解決しましたありがとうございます。Apetureを立ち上げたままだと、ファイルが見つから無いので焦りましたが。
icloudフォトストリーム最悪です〜ね。